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동쪽은 통영시, 서쪽은 한려수도를 사이에 두고 전라남도 광양시·여수시, 북쪽은 사천시·하동군과 접하고, 남쪽은 남해에 면합니다. 1읍 9면으로 이루어졌으며 군청소재지는 남해읍 서변리입니다.
한국에서 네 번째로 큰 섬인 남해군은 68개의 섬으로 이루어져 있다. 임야면적은 241.28㎢로 녹지율은 67.5%이다. 국내 섬 가운데 가장 산이 많고, 하천은 짧고 평야가 협소해 논 48.89㎢, 밭 31.97㎢입니다. 따라서 남해군은 계단식 논·밭이 발달되어 있습니다.
주민의 대부분이 큰 섬인 남해도와 창선도에 거주하고 있습니다. 유인도인 조도·호도·노도에는 69가구 189명이 생활하고 있습니다. 나머지 65개의 섬은 사람이 살지 않는 무인도로 빼어난 절경을 갖추고 있습니다. 1973년 6월 길이 660m의 남해대교가 개통되면서 육지와 직접 연결되었고, 1980년 창선교가 놓이면서 남해도와 창선도가 연결되었습다.
소백산맥 줄기가 남해안까지 뻗어져서 이루어진 남해도는 지층은 경상계가 약 80%를 차지하고, 주로 쥐라기 말기에서 백악기 말에 형성된 것입니다. 남해도에는 망운산(786m)·금산(701m)·송등산(617m), 창선도에는 대방산(468m) 등 험준한 산들이 솟아 군의 대부분이 산지로 되어 있습니다. 또 이들 산지에서는 입현천·동산천·초음천·다천천·화천천 등 15개의 하천이 사방으로 흘러내리고 있습니다. 해안은 굴곡이 심하고 긴 해안선이 있어, 어족자원이 풍부하여 연근해어업의 좋은 조건을 갖추고 있습니다.
기후는 따뜻한 동한난류의 영향으로 온난다우한 해양성기후입니다. 연평균기온 14℃, 1월 평균기온 1.7℃, 8월 평균기온 25.7℃, 연평균강수량은 1789.5㎜입니다(평년값 기준).
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